朱印帳と納経帳の違いは何ですか。

朱印帳は通常一冊に色々な寺社・神仏の朱印を納めます。

それに対し納経帳は霊場巡礼専用のもので、その霊場札所に参拝しお経を（読経や写経などで）奉納してご縁を結びましたよ、という証になります。
2度、3度…と巡礼を重ねると、納経帳に参拝の回数だけ印が重ねられていきます（重ね印）。